En la segunda mitad de la década de los setenta, la Armada hace un extraordinario esfuerzo por renovar la flota de superficie y fortalecer la submarina. Para los submarinos, se optó por la construcción de dos unidades de la clase 209/1400L en Alemania, para los cuales hubo una propuesta que además de favorable en el precio, se atenía a los plazos solicitados y a los requerimientos de alto nivel exigidos por la Armada.

Comenzando el año 1981, se firma el Decreto Supremo que autoriza a la Armada contratar con las Empresas Howaldtswerke-Deutsche Werft Aktiengesellschaft Hamburgo Und Kiel y la compañía Ferrostaal Aktiengesellschaft, de la República Federal Alemana, la construcción de dos unidades navales clase U-209 del tipo 1400-L.

El 7 de mayo de 1984 se efectuó la ceremonia de bautizo e izamiento del pabellón nacional del Submarino Thomson, en un acto presidido por el Embajador de Chile en Alemania y la bendición estuvo a cargo del capellán Mario López Vásquez

El Thomson zarpó de Kiel el 01 de julio de 1984 y recaló a Arica el día 21 de agosto de ese año. El 31 de agosto recaló a Valparaíso donde fue recibido por el Comandante en Jefe de la Armada, Almirante José Toribio Merino Castro, el Comandante en Jefe de la Fuerza de Submarinos y delegaciones de la Armada. Recaló finalmente el 2 de septiembre de 1984 a Talcahuano, para integrarse inmediatamente como un submarino más de la Fuerza de Submarinos.

En el año 1994, el “Thomson”, participó en la “BLACK OPERATION 1994” en las áreas comprendidas entre San Diego y Seattle-Bangor. “RIMPAC 1996”, en las costas de Hawai, Estados Unidos. “TEAMWORKNORTH 96” con las Armadas de Canadá y Estados Unidos. “PACIFIC OPERATION 1997” y comprendió los ejercicios Team Work North 97, desarrollado entre Acapulco (México), San Diego (EE.UU.) y Victoria B.C. (Canadá), MARCOT 2197 efectuado en la costa Weste de la Isla deVancouver y el estrecho deJuan de Fuca

La Unidad, además ha tenido la oportunidad de participar en el ejercicio DESI, (Diesel Electrical Submarine Initiative) el que se efectúa en la ciudad de San Diego, Estados Unidos, logrando interactuar con diferentes marinas del cono sur.

Lleva el nombre del Capitán de Fragata Manuel Thomson Porto Mariño, destacado héroe de nuestra Armada que murió, siendo Comandante del Monitor «Huáscar», el 23 de Febrero de 1880, durante el bloqueo de Arica, en la Guerra del Pacífico.